出演: デイビッド・ドゥカブニー/ジリアン・アンダーソン
アメリカ連邦捜査局に極秘に保管されている未解決事件ファイルーー人はそれをX-ファイルと呼ぶ。ダナ・スカリー捜査官はFBIのとある弱小セクション、X-ファイル課に転属を命じられた。そこで彼女が出会ったのは優秀であるが、「スプーキー(変人)」と渾名されるフォックス・モルダー捜査官であった。二人は反発しあいつつも共同してオカルティックな難事件に挑む。やがて彼らは米国政府が隠してきた極秘事項に肉迫するが、X-ファイル課は閉鎖に。スカリーとモルダーは引き離され、それぞれ異動させられてしまう。